V okviru arheoloških zbirk Loškega muzeja so predstavljene zbirka Poselitev loškega ozemlja v arheoloških obdobjih v času od starejše kamene dobe do leta 973, zbirki o Zgornjem stolpu na Kranclju in Komunu na Mestnem trgu ter zbirka Loške slikane meščanske keramike. Te zbirke predstavljajo bogato srednjeveško in novoveško zapuščino prebivalcev mesta Škofje Loke.